Su influjo al interior celular activa proteasas, endonucleasas y fosfolipasas.

Otro importante daño oxidativo, que tiene lugar en las proteínas, es la oxidación de los grupos amino de los aminoácidos, a grupos carbonilos.

Por otro lado, el ONOO^-   también es responsable del daño a las proteínas por al menos 3 mecanismos:

1)      pueden descomponerse y generar el  ^.OH

2)      el  ONOO^- reacciona directamente con –SH proteico y

3)      pueden reaccionar con los iones metálicos para generar una potente especie (catión nitronio) capaz de nitrar muchos aminoácidos. Los residuos tirosina nitrosilados son estables y constituyen indicadores del ataque del ONOO^-  a las proteínas.

Producto del ataque de las ERO se producen entrecruzamientos de cadenas polipeptídicas y fragmentación de las proteínas, perdiendo éstas su función biológica. Las consecuencias bioquímicas de las modificaciones oxidativas a las proteínas pueden resumirse en:

1. Pérdida de la función de receptores, enzimas, proteínas de transporte
2. Alteración de la función de las enzimas reparadoras del ADN
3. Pérdida de la fidelidad de las ADN polimerosas para replicar el ADN
4. Aumento o disminución de la susceptibilidad a la proteólisis
5. Aumento de la inmunogenicidad (generación de nuevos antígenos que provocan respuestas inmunitarias)
6. Agregación proteica
7. Modificación en la trascripción génica